Dwoma podstawowymi powikłaniami leczenia bezpłodności są ciąże mnogie i zespół hiperstymulacji jajników.

Skuteczność w przypadku, gdy pojedynczą komórkę jajową lub zarodek umieszcza się w jajowodzie, jest mała. Dlatego powinno się zalecać, aby umieszczać w tym samym czasie maksymalnie 3 komórki jajowe lub zarodki.

Kiedy umieszcza się 3 komórki jajowe lub zarodki, prawdopodobieństwo pojedynczej ciąży wynosi około 30%, ciąży bliźniaczej - 20%, a trojaczej - około 3%.

W ciąży mnogiej ryzyko komplikacji i poronienia jest wyższe, a przedwczesny poród bardziej prawdopodobny.

Zespół hiperstymulacji jajników występuje, gdy odpowiedź na zastrzyki pobudzające produkcję komórek jajowych jest silniejsza od spodziewanej.

Objawy występują zazwyczaj 4-5 dni po pobraniu komórek jajowych. W przypadku lekkiej do umiarkowanej postaci zespołu objawy mogą obejmować powiększenie jajników, uczucie dyskomfortu w brzuchu i nudności.

Jeżeli postać zespołu jest ciężka, u pacjentki może wystąpić wodobrzusze, powodujące trudności w oddychaniu, oraz zmniejszenie ilości wydalanego moczu. Ta postać zespołu występuje jednak u mniej niż 1% kobiet. Jeżeli dolegliwości są bardzo ciężkie, konieczna może być hospitalizacja.