W wypadku wczesnego, niezaawansowanego nowotworu złośliwego jajnika leczenie chirurgiczne polega na całkowitym, przezbrzusznym usunięciu macicy z przydatkami. Takie leczenie obejmuje usunięcie trzonu macicy z szyjką macicy, jajowodów i jajników. Czasami usuwa się również węzły chłonne miednicy. Niekiedy rozszerza się zabieg o usunięcie sieci większej — specjalnego „fartucha” tłuszczowego (omentum) znajdującego się w brzuchu — nazywa się to usunięcie sieci większej (omectomia).

Zabieg operacyjny jest wykonywany w znieczuleniu ogólnym. Cewnik zakłada się do pęcherza moczowego na kilka dni, a czas pobytu w szpitalu wynosi około tygodnia.

Dopiero 3–7 dni po operacji na podstawie wyniku badania histopatologicznego wiadomo, czy guz był łagodny, czy złośliwy, a jeżeli był złośliwy, jaki jest stopień zaawansowania choroby.

Jeżeli nowotwór złośliwy jajnika jest zaawansowany, zabieg operacyjny polega na usunięciu możliwie największej ilości tkanki nowotworowej; może obejmować również usunięcie fragmentu jelita. Takie postępowanie nie leczy całkowicie raka, ale umożliwia powstrzymanie lub zapobiegnięcie powikłaniom, takim jak niedrożność jelit czy moczowodu. Ponadto dzięki tym zabiegom działanie chemioterapii, a więc niszczenie komórek nowotworowych przez leki, jest bardziej efektywne.

W przypadku zajęcia przez nowotwór złośliwy tylko jednego jajnika u kobiety, która jeszcze nie rodziła, dopuszcza się leczenie chirurgiczne, które polega na jednostronnym usunięciu zajętego jajnika. Usunięcie macicy z drugim jajnikiem i jajowodami wykonuje się później, po zakończeniu okresu rozrodczego.